Je suis tombé sur ce problème et voici ce qui a fonctionné pour moi:

    $mailer = JFactory::getMailer();
    $mailer->setSender($sender);
    $mailer->addRecipient($recipient);
    $mailer->isHtml($is_html);
    $mailer->CharSet  = 'UTF-8';
    $mailer->Encoding = 'base64';
    $mailer->setSubject($subject);
    $mailer->setBody($body);
    $mailer->AltBody = $alt_body;
    $send = $mailer->Send();

Le point essentiel est le suivant:

    $mailer->AltBody = 'Votre version texte du courriel ici';

Ce message texte sera envoyé en plus du courriel en html pour les utilisateurs qui choisissent de ne pas afficher la version html des courriels.

Testé sur Joomla 3.7.5
J'espère que ça a pu aider quelqu'un. Codez bien!