Effectivement, en inspectant le code de  la librairie Imagick avec mon IDE de prédilection PhpStorm j'ai enfin decouvert la bonne méthode qu'il fallait appeler après l'appel au construteur d'Imagick. Voici le bout de code d'exemple:

 $image = new Imagick('example.png'); 
$image->setImageAlphaChannel(Imagick::ALPHACHANNEL_ACTIVATE);

A vous de jouer! Happy coding!